Struktur Organisasi Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam (FEBI) UIN Walisongo Semarang periode 2024–2026 dipimpin oleh Dekan Dr. H. Nur Fatoni, M.Ag. Di bawah kepemimpinan beliau, terdapat tiga Wakil Dekan yang membantu dalam pelaksanaan tugas-tugas akademik dan administratif, yaitu Dr. H. Muchamad Fauzi, S.E., M.M. sebagai Wakil Dekan Bidang Akademik dan Kelembagaan; Dr. Rahman El-Junsi, S.E., M.M. sebagai Wakil Dekan Bidang Administrasi Umum, Perencanaan, dan Keuangan; serta Dr. H. Ahmad Furqon, Lc., M.A. sebagai Wakil Dekan Bidang Kemahasiswaan dan Kerjasama. Untuk mendukung kelancaran administrasi, Nasrudin, S.Ag., M.M. menjabat sebagai Kepala Bagian Tata Usaha.

Fakultas ini menaungi sejumlah program studi, baik pada jenjang S1 maupun S2. Program studi S2 Ekonomi Syariah dikepalai oleh Dr. H. Khoirul Anwar, M.Ag. dengan Dr. H. Ade Yusuf Mujadid, M.K. sebagai sekretaris prodi. Program studi S1 Ekonomi Islam dipimpin oleh Dr. Nurudin, S.E., M.M. dengan Ferry Khusnul Mubarak, M.M. sebagai sekretaris. Arif Afendi, S.E., S.Sc. bertugas sebagai Kaprodi S1 Perbankan Syariah, didampingi oleh Mardhiyaturostianingsih, M.E. Fajar Adhitya, S.Pd., M.M. menjabat sebagai Kaprodi S1 Manajemen dengan Farah Amalia, M.M. sebagai sekretarisnya, sedangkan Program Studi S1 Akuntansi Syariah dipimpin oleh Warno, S.E., M.Si. dengan Nafil Saadah, M.Si. sebagai sekretaris prodi.

Selain itu, kegiatan laboratorium di bawah Fakultas ini dikoordinasikan oleh Kepala Laboratorium Sokhikhatul Mawadah, M.E.I. Untuk menjamin mutu pendidikan dan pelaksanaan kegiatan akademik, fakultas ini didukung oleh dua unit penting yaitu Gugus Penjamin Mutu (GPM) dan Gugus Kendali Mutu (GKM) di tingkat program studi. Struktur organisasi ini disusun berdasarkan PMA Nomor 54 Tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja UIN Walisongo Semarang serta SK Rektor Nomor 299 Tahun 2017.